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本教区は1915年2月12日、函館教区から分かれ、渡島地方(函館教区)を除く北海道全土、および樺太南部を管轄区域とする知牧区として新設され、ドイツのフランシスコ会(フルダ管区)に委託された。ついで1929年3月30日、代牧区に昇格し、初代教区長V・キノルド師が司教に叙階された。
1932年7月14日、樺太教区が分離して、ポーランドのフランシスコ会に委譲された。キノルド司教の教区長辞任により、1941年、戸田帯刀師が教区長となったが、1944年、戸田師の横浜教区長転出にともない、瀬野勇師が教区長となった。
1952年12月11日、それまで仙台教区であった函館地区を含めて併合し、全北海道が札幌司教区に昇格。冨澤孝彦師が教区長に就任し、1953年3月19日、司教に叙階された。
冨澤司教の教区長辞任により、1987年10月3日、地主敏夫師が後任に任命され、1988年1月15日、司教に叙階されて教区長に就任。
2009年11月17日に地主司教の辞任が受理されると同時に、新潟司教兼任まま菊地功司教が教区管理者に任命される。新しい札幌司教の誕生が待ち望まれている。
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